相続と相続時精算課税・暦年贈与で取得した株式を譲渡する場合、取得費加算はどちらにも使える？

親から相続した株式の一部を売却しようとしたとき、「自分は相続で取得した分と、生前に贈与してもらった分の両方を持っている。取得費加算の特例は両方に使えるのだろうか」「一部だけ売る場合、どの株式を売ったことにすればよいのか」——こんな疑問が出てきたとしても、税務の仕組みを知らなければ答えが見つかりません。

相続時精算課税で受け取った株式は相続税の課税価格に算入されるため、取得費加算の特例の対象になるかどうかが焦点です。また、暦年課税で受け取った株式が相続開始前3年以内の贈与だった場合も、相続税の課税価格に持ち戻しが生じるため、同じ問いが生じます。

国税庁の質疑応答事例は、このケースについて明確な取扱いを示しています。以下で、事例の設定・論点・結論・実務上の注意点を順に整理します。

この記事でわかること

• 取得費加算の特例の基本的な仕組み（概要）
• 相続取得株式と贈与取得株式が混在するときの特例の適用範囲
• 一部譲渡のときに「どの株式を売ったか」をどう計算するか
• 相続時精算課税と暦年課税（3年以内贈与）で取扱いが変わるかどうか
• 申告時に気をつけるべき実務ポイント

【事例の設定】今回の状況を整理する

取得方法が複数あるため、「どの株式を売ったとみなすか」「どちらに取得費加算の特例が使えるか」という二つの論点が生じています。

【論点①】取得費加算の特例はどちらの株式にも使えるか

取得費加算の特例の基本

取得費加算の特例（租税特別措置法第39条第1項）は、相続や遺贈で財産を取得した個人が、相続税の申告期限の翌日から3年以内に、その相続税の課税価格に算入された資産を譲渡した場合に使える特例です。譲渡所得の計算上、取得費に「譲渡した資産に対応する相続税額の一部」を加算できるため、課税される譲渡益が圧縮されます。

相続時精算課税で受け取った株式は対象になるか

相続時精算課税の適用を受けた贈与財産は、被相続人の死亡時に相続税の課税価格に算入されます（相続税法の規定）。条文上、取得費加算の特例は「相続税の課税価格の計算の基礎に算入された資産の譲渡」を対象としており、精算課税分もこの要件を満たします。

国税庁の質疑応答事例は「甲に係る相続税の課税価格の計算の基礎に算入された株式の価額（1株当たりの価額）が高い方から譲渡したものとして取り扱うことができる」と明示しています。つまり、相続取得分・精算課税取得分のいずれも特例の対象になります。

【論点②】一部だけ売るとき「どの株式を売ったか」はどう決まるか

1株当たりの価額が高い方から譲渡したとみなせる

相続取得分と精算課税取得分は、それぞれ相続税の課税価格に算入されたときの1株当たりの価額が異なるケースがあります。一部だけ売却するとき、どちらを先に売ったかによって、取得費加算として計上できる金額が変わります。

国税庁の質疑応答事例は、1株当たりの価額が高い方から譲渡したものとして取り扱ってよいと示しています。これは納税者にとって有利な順序（課税価格に算入された価額の高い株式から売ったとする）で計算することを認めたものです。

計算上のイメージ

たとえば、相続取得分の1株当たり課税価格算入額が5,000円、精算課税取得分のそれが3,000円だったとします。この場合、相続取得分を先に譲渡したとみなして取得費加算の計算を行うことができます。逆に精算課税取得分の方が1株当たりの算入価額が高ければ、そちらを先に譲渡したとして計算します。

出典の事例では具体的な数値は示されていないため、実際の計算は各自の相続税申告書の数値をもとに行う必要があります。

【論点③】暦年課税・3年以内贈与の場合も同じ扱いか

相続開始前3年以内の贈与は課税価格に持ち戻しがある

相続開始前3年以内（令和6年以降の贈与については段階的に最長7年以内へ延長）に被相続人から受けた贈与財産は、相続税の課税価格に加算される場合があります（相続税法第19条）。このルートで課税価格に算入された株式についても、取得費加算の特例の対象になるかが問われます。

国税庁の結論：同様に扱える

質疑応答事例は「相続の開始前3年以内に甲から贈与により株式を取得し暦年課税により贈与税の申告を行っていた場合でも同様に取り扱うことができる」と明示しています。

つまり、贈与の課税方式（相続時精算課税か暦年課税か）を問わず、相続税の課税価格に算入された株式であれば、取得費加算の特例を使えます。算入されていない株式（たとえば相続開始前3年超の暦年贈与分）は対象外です。

実務上の注意点

相続税申告書との突合が必要

取得費加算の特例の適用額は、相続税申告書の数値をもとに計算します。相続取得分・精算課税取得分・持ち戻し分それぞれについて、1株当たりの課税価格算入額を正確に把握しておく必要があります。相続税の申告を別の税理士が担当していた場合は、申告書（特に課税価格の計算に関する明細）の写しを手元に用意してください。

確定申告での添付書類

取得費加算の特例は、適用を受けようとする年分の確定申告書に、適用を受ける旨の記載と、譲渡所得の金額の計算に関する明細書その他の書類を添付した場合に限り適用されます（租税特別措置法第39条第2項）。添付漏れがあると特例が使えなくなるため、申告書の作成時に必ず確認してください。

譲渡のタイミングにも注意

取得費加算の特例が使える期間は、相続開始の翌日から相続税申告期限の翌日以後3年を経過する日まで（相続税申告期限の翌日から起算して3年）です。この期間を過ぎると特例は使えません。相続開始から時間が経過している場合は、まず期限が残っているかを確認してください。

自分のケースに当てはまるかチェックリスト

以下をすべて確認してください。

• 相続または遺贈により財産を取得し、相続税の納税義務がある
• 譲渡しようとする株式が、相続税の課税価格の計算の基礎に算入されている（相続取得分・精算課税取得分・持ち戻し贈与分のいずれか）
• 譲渡のタイミングが、相続税申告期限の翌日から3年以内である
• 確定申告書に特例適用の旨と必要書類を添付する準備ができている

上記のうち1つでも当てはまらない項目がある場合、特例が使えないか、別途確認が必要なケースです。

税理士に相談した方がよいケース

• 相続取得分・精算課税取得分・持ち戻し分が混在していて、どの株式をいくら売ったとみなすか計算が複雑になっている
• 相続税申告書の数値と証券会社の残高データの突合に自信がない
• 暦年贈与の持ち戻し期間（令和6年以降の段階的な延長）が自分のケースにどう影響するか分からない
• 譲渡益が大きく、取得費加算の計算を誤ると税額差が無視できない水準になる
• 申告期限まで時間がなく、添付書類の準備に不安がある

よくある質問

相続時精算課税で受け取った株式は、相続税の課税価格に算入されなければ特例の対象外ですか？

そのとおりです。取得費加算の特例は「相続税の課税価格の計算の基礎に算入された資産」が対象です。精算課税適用財産は原則として課税価格に算入されますが、何らかの事情で算入されていない場合は対象になりません。自分の相続税申告書で算入の有無を確認してください。

暦年贈与でも3年超前の贈与分は取得費加算の対象になりませんか？

相続開始前3年超の暦年贈与は持ち戻しの対象外（相続税の課税価格に算入されない）であるため、取得費加算の特例も使えません。ただし、令和6年以降の贈与については持ち戻し期間が段階的に最長7年に延長されていますので、贈与を受けた時期と相続開始の時期に応じて確認が必要です。

「1株当たりの価額が高い方から譲渡」とする計算は、証券会社の売買記録とどう整合させますか？

実際にどの株式を売ったかは証券会社の記録に従いますが、取得費加算の計算上は、相続税の課税価格に算入された1株当たり価額が高い種類の株式を先に譲渡したとみなして計算できるということです。帳簿上の処理と税務上の計算ルールが異なる点に注意し、申告書の計算明細に根拠を明示しておくと安心です。

取得費加算の計算をせずに確定申告した後、修正できますか？

租税特別措置法第39条の規定では、確定申告書への記載と添付書類がない場合でも、税務署長がやむを得ない事情があると認めるときは特例を適用できるとされています。ただし、適用を受けられるかどうかは税務署の判断になります。期限内申告の段階で適切に適用しておくことが確実です。

まとめ

相続と贈与（相続時精算課税・暦年課税）の両方で取得した株式を相続後に一部譲渡する場合、取得費加算の特例（租税特別措置法第39条第1項）の適用について、国税庁の質疑応答事例は次のとおり明確に示しています。

• 相続取得分・精算課税取得分のいずれも特例の対象になる（どちらも相続税の課税価格に算入されているため）
• 一部譲渡のときは、1株当たりの課税価格算入額が高い方から譲渡したとして計算できる
• 暦年課税で相続開始前3年以内に受けた贈与の場合も、同様に扱える

ただし、適用のためには確定申告書への記載と書類の添付が必要であり、相続税申告書との数値の突合や期限の確認も欠かせません。株式の保有状況が複雑な場合や計算金額が大きい場合は、早めに税理士へ相談することをおすすめします。

本記事は情報提供を目的として作成しており、特定の税務判断を推奨するものではありません。実際の税務処理・申告については、税理士等の専門家にご相談ください。個別事情によって結論が異なる場合があります。

相続税は、財産の種類や相続人の状況によって計算方法や特例の適用が大きく変わります。「うちの場合はどうなるか」を知りたい方は、早めに税理士へご相談されることをおすすめします。

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